Biogassubstrat ist der organische Stoff, der in einer Biogasanlage zur Erzeugung von Biogas vergoren wird. Es kann eine Vielzahl von Materialien umfassen, darunter Energiepflanzen, Wirtschaftsdünger, organische Reststoffe und Abfälle. In deutschen Biogasanlagen werden ca. 46 % Nachwachsende Rohstoffe, 47 % Gülle und Mist, 3 % kommunaler Bioabfall und 4 % Reststoffe aus Industrie, Gewerbe und Landwirtschaft eingesetzt (FNR, 2023). Dominierende Kulturart unter den Nachwachsenden Rohstoffen ist der Mais, dessen Ertragspotenzial in Kombination mit dem hohen Energiegehalt auf günstigen Standorten von keiner anderen Pflanze erreicht wird. Auf Grenzstandorten, also Höhenlagen und Trockengebieten, verliert der Mais jedoch an Vorzüglichkeit und Getreide-Ganzpflanzensilage (GPS) kann wirtschaftliche Vorteile gegenüber dem Mais bringen. In Grünlandregionen hingegen gewinnt Grassilage aufgrund der niedrigen Pachtpreise und daraus resultierender niedriger Kosten ebenfalls an Konkurrenzkraft. In der jüngeren Vergangenheit wurden unterschiedliche Kulturen auf Ihre Eignung für die Biogasproduktion untersucht. Vor dem Hintergrund einer erweiterten Fruchtfolge konnten sich so einige von ihnen im Praxiseinsatz etablieren.
Am Ende muss jedoch betriebsindividuell berechnet werden, mit welcher Fruchtfolge, bzw. mit welchen Kulturarten, die niedrigsten Stromgestehungskosten anfallen und damit die Wirtschaftlichkeit der Anlage optimiert werden kann.